miniPCNL jest metodą analogiczną do PCNL i polega na kruszeniu i usuwaniu z nerki złogów za pomocą endoskopu (nefroskopu) wprowadzonego przezskórnie. Różnica polega na średnicy endoskopu – kaliber instrumentu wykorzystywanego w metodzie miniPCNL jest znacznie mniejszy, dzięki czemu uraz miąższu nerkowego jest mniejszy. Metoda ta wykorzystywana jest w przypadku małych i średniej wielkości kamieni zlokalizowanych w nerce, często położonych w dolnym kielichu nerki. Podczas miniPCNL do kruszenia kamieni wykorzystywany jest laser oraz urządzenie działające w oparciu o energię ultradźwięków. Wyboru między PCNL i miniPCNL dokonuje zawsze urolog na podstawie wyników badań obrazowych.